Los estudiantes que opten por el Bachillerato en Ciencias, además de adquirir los aprendizajes básicos comunes del BGU (ver Acuerdo 020-A y Tronco Común), en primer y segundo año, deben cumplir 5 horas semanales de asignaturas definidas por la institución. En tercer año, deberán tomar 15 períodos semanales de asignaturas optativas, divididas en las asignaturas de su elección con base en la decisión tomada por cada institución. Para las asignaturas optativas, el Ministerio de Educación ha elaborado 11 propuestas curriculares, que las instituciones podrían optar, sin embargo, la institución educativa tiene la libertad de elaborar su propio documento curricular, si la asignatura ofertada no se encuentra entre las 11 opciones propuestas por el Ministerio.